Hola compa,
He tenido experiencia encontrando hongos por encima del sustrato y por dentro, en pequeños huecos que se forman entre la tierra. En mi caso los hongos aparecieron porque use -y abusé- un agregado de trichodermas y micorrizas varias.
En el sustrato, por lo general, convive una gran variedad de microorganismos, entre bacterias y hongos. Esto es normal y de hecho conveniente, puesto que un suelo estéril es como una casa vacía en donde se puede meter cualquier microorganismo -bueno o malo- y poblar el sustrato.
Que aparezcan hongos puede ser indicio de que hay una predominancia de organismos fungi (hongos) sobre las bacterias. Si además tienes mucha humedad exterior, esta predominancia se hace visible.
Para mí no debes preocuparte, pero procura no tener una excesiva humedad ambiental, no sólo para que no aparezcan hongos sino para cuidar esos cogollos.
Mucha suerte!
Saludos!
