Si tienes botrytis lo normal sería que tengas alguna oruga por ahí escondida. O que la hayas tenido, se haya formado botrytis y que las esporas te hayan jodido otros cogollos. Cuando yo he tenido botrytis no he apreciado que se pasase de cogollo a cogollo con mucha rapidez, sino que muchas veces la zona afectada si la he dejado unos días se ha ido secando y así se ha quedado.
Cada cuantos días echas el BT??? Lo digo porque aquí, en la zona del Mediterráneo yo he acabado echando el BT cada 1 o 2 días, ya que pese a echar el BT mis plantas tenían orugas. Yo lo atribuí a que con el rocío que cae por la noche posiblemente el BT desapareciese y las orugas se pusiesen las botas con mis plantas.
Usas el BT de Compo??? Lo digo porque el de Compo tiene 16 millones de U.I/gramo, cuando el recomendable es el de 32 millones de U.I/gramo, con lo que el BT de Compo puede ser menos eficaz.
Si quieres detener la botrytis puedes usar el botripot (que no conozco) o también otro producto que se llama Botrybel (a base de bacillus velezensis), que no tiene periodo de seguridad alguno. Lo que sí que sería recomendable (que puede estar aquí la pega si tu botrytis es por humedad contenida en los cogollos) sería antes de cortar pulverizar las plantas con agua destilada, para eliminar posibles restos de productos que puedan dar sabores no deaseados a las plantas. Eso sí, si pulverizas, que sea siempre por la mañana, para que le de tiempo a la planta a secarse antes de la puesta de sol.
Si ves que sigues con problemas con la botrytis (pero problemas serios, que en exterior siempre es normal tener ciertas "perdidas" por botrytis, ramas rotas por lluvia y/o aire.... en la cosecha) y crees que a las plantas les quedan menos de dos semanas yo cortaría. Eso si, antes de cortar espérate a que el sustrato este más bien seco, que cuanta mayor humedad, más probabilidades de tener más botrytis durante el secado.
Respecto a la posibilidad de que se escampe la botrytis en el secadero, es algo relativo. Si le metes con un ventilador, es posible que sí que la escampes. Yo este año he tenido algo de botrytis en el secadero (por cogollos muy compactos y humedad elevada) y la botrytis ha estado muy localizada, no se ha ido pasando de unos cogollos a otros. Cuando cortes yo lo que haría sería revisar todos los cogollos, que algunos aunque parezcan sanos te pueden dar sorpresas. Y una vez colgados en el secadero revisaría los cogollos más compactos cada 3 o 4 días, para desecharlos si apareciese botrytis.