Seguro que hay algún experto que sabrá responderte pero yo no me preocupo en exceso con esas manchas.
¿El sustrato está abonado? ¿Has medido el PH y EC antes del riego? ¿Has observado la presencia de moscas en la zona de cultivo?
Tengo una mosca detrás de la oreja que me hace creer que la humedad de tu cultivo es muy alta, también puede venir de ahí.
Si no presentas problemas de sobrefertilizacion en suelo, mala medición de EC/PH, plagas o humedad excesiva no tienes nada de lo que preocuparte.