Yo hago dos cosas:
La primera es que el tiesto donde germino no lo relleno de substrato del todo sino algo mas de la mitad para, precisamente, si se me espigan ir cubriendo progresivamente el tallo.
La segunda es, si con la primera alternativa no es suficiente, trasplanto enterrando el tallo casi hasta los cotiledones.
Y problema resuelto.
Salud y suerte con la cosecha